目前，我国政府投资项目效益审计存在问题

（1）尚未建立投资项目效益审计人力资源体系。

目前，我国政府投资项目效益审计实施主体是我国审计机关，国家审计机关从事固定资产投资审计人力资源有限，不仅不能满足投资项目效益审计的需要，内部审计人员知识结构也存在诸多缺陷，管理、法律、统计、工程人才严重短缺，限制了效益审计的实施。此外，投资效益审计人力资源分布不平衡，审计机关部分人力资源闲置。

（2）政府投资项目效益审计标准体系尚未建立。

长期以来，我国固定资产投资审计主要是竣工决算审计，重点是资金使用的真实性和合法性。审计机关主要执行《建设项目审计准则》

和一系列具体的审计准则。

尽管《审计署2008》年至 2012 《年度审计工作发展规划》指出，绩效审计应全面推进，但由于缺乏建设项目效益审计标准和一系列具体标准的指导，政府投资项目效益审计的概念、审计目标、审计内容、审计报告形式仍存在较大争议。

缺乏投资效益审计准则体系，在实践中遇到了很大的困难。

（3）政府投资项目效益评价体系不完善，缺乏有效的评价标准。

评价体系是投资效益审计的核心内容之一。评价体系的科学性和系统性直接决定了评价结果的稳定性和客观性。因此，建立投资效益评价体系一直是学术界和实践界关注的焦点，尽管《国有资本绩效评价规则》、《建设项目经济评价方法与参数》

建立了评价体系，但仍存在指标体系不系统、不完整、不统一、评价内容单一等缺陷，不能全面、系统地评价政府投资项目的效益，同时由于缺乏投资项目效益评价标准，同一项目效益评价会得到不同的评价结果，促进效益评价缺乏客观性、可信度和对比度。

（4）投资项目效益审计数据缺失，数据管理体系不完善。

投资效益审计评价不仅需要财务数据，还需要非财务数据。由于审计时间长，在数据收集上已经有了成熟的软件，而不是因为财务数据分散、费时费力、效率低下，给投资效益评价指标的计算带来了很大的困难，在一定程度上也阻碍了投资效益审计的实施。